Teve passagens pelas categorias de base da Seleção Brasileira, onde foi campeão Sul-americano sub-17 em 2005.Em 2006 Felipe foi promovido para a equipe principal do Santos Futebol Clube. Nesse ano o Peixe foi Campeão Paulista daquele ano, com a condição de terceiro goleiro. Estreiou contra o Corinthians pelo Campenato Brasileiro do mesmo ano, realizando grande partida. Na Copa Sul-americana pegou um pênalti em jogo contra o Cruzeiro, em pleno Mineirão.
Foi pego no fim de 2006 em exame antidoping, com uma substância diurética, sendo cortado da Seleção Sub-20 no Campeonato Sul-Americano de 2007. Acabou sendo absolvido pelo uso involuntário desta. Em 2007 fez parte do elenco campeão paulista.
Mesmo não jogando bem em 2008 e falhando em vários jogos principalmente no clássico contra Palmeiras, Felipe despertou o interesse do Milan e do São Paulo. Foi indicado pelo experiente goleiro Rogério Ceni para atuar pelo tricolor paulista.
Por Fábio Costa novamente ter se contundido, Felipe imediatamente voltou ao Santos. Com Vanderlei Luxemburgo como técnico, Felipe novamente voltou ao posto de goleiro reserva e atuou como titular, já que Fábio Costa se machucou.
Em 2010, foi titular durante toda a campanha do Campeonato Paulista, consagrando-se campeão ao final do torneio junto ao clube.
atuação histórica - Santos x Cruzeiro - Copa Sul Americana 2006
Clubes em que atuou:
2006-2008 Santos
2009-2009 → Paraná (emp.)
2009-2009 → Portuguesa Santista (emp.)
2009-2010 Santos (atualmente)
